Havnekontoret var stedet, hvor havnefogden regerede. 1855 var en fjællebod (træskur) blevet afløst af et bundsolidt, grundmuret hus, der lå tæt ved bækken og det store gamle pakhus. Det var så solidt, at det først blev revet ned i 1928, da den part af havnen skulle ryddes. Her blev de mindre ting af havnens materiel opbevaret og fra de første 40 år af havnens historie er inventarielister bevaret. Der er gie- og taljeblok­ke, prikker og koste til afmærkning i vandet, tjærekoste, lyg­ter, ekstra eksemplarer af havnereglementet, flag med det danske våben, nøgler, skilte og fra 1862 3 potter brændevin til arbejdsfolkene, maling og fernis til bolværket osv. Her lå også havnefogdens protokoller over anløbne skibe, udbetalinger til arbejdere for nøje betegnet arbejde, regninger fra firmaer - og de skibsafgifter det var hans sag at opkræve til havnen.